Von 1997 bis 1999 absolvierte Robert Enke 15 spiele für die deutsche U21-Nationalmannschaft. 1999 wurde Enke erstmals von Erich Ribbeck in die A-Nationalmannschaft berufen und reiste mit zum Konföderationen-Pokal 1999 in Mexiko, kam aber nicht zum Einsatz. Nach der Saison 2005/2006 wurde er von Jürgen Klinsmann in den erweiterten Kader der deutschen Nationalmannschaft zur Fußball-WM 2006 berufen. Während der Weltmeisterschaft hatte er Rufbereitschaft für den Fall, dass sich einer der drei deutschen Torhüter verletzt hätte. Bundestrainer Joachim Löw berief Robert Enke im Oktober 2006 nach siebenjähriger Pause erstmals wieder in den Kader der Nationalelf und nominierte ihn als Ersatztorhüter für ein Freundschaftsspiel der Nationalmannschaft gegen Georgien. Als Stammtorwart Jens Lehmann vor dem Qualifikationsspiel auf Zypern im November 2006 an Grippe erkrankte, wurde Enke ebenfalls als Ersatztorhüter nachnominiert.