Pemberton gab sein Debüt für Costa Rica in einem Freundschaftsspiel im September 2010 gegen Jamaika und hat im Dezember 2014 insgesamt 24 Länderspiele ohne Tore erzielt. Er vertrat sein Land in 2 WM-Qualifikationsspielen und spielte bei der Copa Centroamericana 2013 und 2014 sowie beim CONCACAF Gold Cup 2013. Bei der FIFA Fussball-Weltmeisterschaft 2014 war er nicht dabei. Und spielte alle drei Spiele der Copa América Centenario.

Im Mai 2018 wurde er in die 23 Mann starke Mannschaft Costa Ricas für die Weltmeisterschaft 2018 in Russland berufen.